Учёные СПбГУ разработали сборщик для расшифровки геномов коронавирусов

В понедельник, 6 июля, в Санкт-Петербургском государственном университете сообщили о новой разработке Центра алгоритмической биотехнологии университета, получившей название coronaSPAdes. Она позволяет собирать геномы РНК-вирусов, в первую очередь – коронавирусов (в том числе и SARS-COV2).

Модуль coronaSPAdes — это специальный режим сборщика SPAdes (Saint Petersburg Assembler) — флагманского продукта лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ. Как указали в университете, с его помощью уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов. Сам SPAdes использовали разные страны для анализа актуальных для них патогенов: вируса Ближневосточного респираторного синдрома (MERS) – в Саудовской Аравии, Эболы – в Конго, гонореи – в Англии, лихорадки денге – на Суматре.

«На создание модуля coronaSPAdes нас подвигли запросы научного сообщества. Из разных лабораторий к нам поступали многочисленные вопросы о том, как лучше с помощью утилит семейства SPAdes собирать РНК-вирусы. Одними из таких центров являются Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI), с которым у нас есть совместный грант Российского фонда фундаментальных исследований, и сообщество ученых, работающих над поиском новых корона- и других вирусов в публичных данных в рамках научной коллаборации Serratus. Так как существующие модули сборщика SPAdes не дают ощутимого преимущества перед программами-конкурентами, была поставлена задача: создать новый модуль, который учитывает уникальные особенности строения генома коронавирусов и данных секвенирования», — рассказал сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Антон Коробейников, один из основных авторов нового продукта.

Сборщик SPAdes и различные режимы его работы позволяют производить расшифровку геномов многих живых организмов, не только вирусов. Новинка основана на предыдущих аналогичных разработках петербургских учёных.